Полиморфизм ДНК

 

 

AFLP (amplified fragment length polymorphism) – полиморфизм длины амплифицированных фрагментов. В основе метода лежит ПЦР-амплификация геномной ДНК после обработки двумя эндонуклеазами рестрикции и лигированием с адаптером длиной около 20 пн. Праймеры подбираются к последовательности ДНК адаптера со случайным добавлением 3'пн к 3-концу.

 

CAPS/dCAPS (cleaved amplified polymorphic sequences) – расщепленные амплифицированные полиморфные последовательности. CAPS-маркеры имеют и другое название – PCR-RFLP. Их особенностью является то, что обработке эндонуклеазами рестрикции подвергается не геномная ДНК, как в случае RFLP –маркеров, а продукты амплификации. Используют данный подход в том случае, когда локус-специфические ПЦР-маркеры (STS или другие) не выявляют полиморфизм между изучаемыми образцами.

 

EST (expressed sequences tags) – экспрессирующиеся последовательности ДНК. Анонимные последовательности, или последовательности неизвестной функции, полученные в результате секвенирования кДНК-библиотек.

 

ISSR (inter simple sequences repeats) – межмикросателлитные последовательности. В основе метода лежит ПЦР-амплификация геномной ДНК с праймерами, содержащими динуклеотидные последовательности ДНК и несколько случайных нуклеотидных пар. В результате амлифицируется фрагмент ДНК, расположенный между микросателлитными локусами.

 

RAPD (random amplified polymorphic DNA) – случайно амплифицированная полиморфная ДНК. К RAPD-маркерам относят последовательности ДНК, полученные в результате амплификации с праймером произвольной структуры длиной 10…11 пн.

 

RELP (restriction fragment length polymorphism) – полиморфизм длины рестрикционных фрагментов.

 

SCAR (sequence characterized amplified region) – последовательности, характеризующая амплифицированную область.

 

SNP (single-nucleotide polymorphism) – однонуклеотидный полиморфизм. Нуклеотидный сайт, для которого показана высокая частота замещения в популяции между индивидуальными образцами. Точнее, SNP – это однонуклеотидная позиция в геноме, для которой в популяции известны различные аллели, причем частота редкого аллеля не менее 1%. Различют экзонные (синонимичные и несинонимичные), интронные и промоторные SNP. Промоторные и некоторые интронные однонуклеотидные замены относят к регуляторным SNP (rSNP). 

 

SNPs (simple nucleotide polymorphisms) – точковые ДНК, включающие SNP и однонуклеотидные инсерции/делеции (indels).

 

SSAP (S-SAP) (sequence-specific amplification polymorphism) – полиморфизм специфично-амплифицированных последовательностей.

 

SSR (simple sequences repeats or microsatellites), или STR (short tandem repeats) – простые повторяющиеся последовательности, или микросателлиты.

 

STS (sequences tagged site) – последовательности, характеризующие локус.

 

VNTR (variable-number tandem repeats) – варьирующее число тандемных повторов.

 

 

Источники:

 

Сулимова Г.Е. ДНК-маркеры в генетических исследованиях: типы маркеров, их свойстваи области применения. – URL: http://www.lab-cga.ru/articles/Jornal01/Statia1.htm

 

Хлёсткина Е.К., Салина Е.А. SNP-маркеры: методы анализа, способы разработки и сравнительная характеристика на примере мягкой пшеницы // Генетика. – 2006. – Т. 42. – №6. – С. 725–736.